Кафедра «Подземные сооружения» образована 1 февраля 2008 года путем объединения кафедр «Инженерная геология, основания и фундаменты» и кафедры «Тоннели и метрополитены».
Кафедра «Инженерная геология, основания и фундаменты» существовала в МИИТе под различными названиями с первых дней его образования, т.е. с 1896 года. Кафедра «Тоннели и метрополитены» образована в МИИТе в 1933 году в связи с возросшей потребности в специалистах тоннельщиках для строительства Московского метрополитена. Первый выпуск инженеров строителей по изысканию, проектированию и сооружению тоннелей и метрополитенов состоялся в 1937 году.
В разное время на названных кафедрах работали выдающиеся ученые в области механики грунтов и тоннелестроения, такие как А.В. Павлов, И.Е. Меднов, В.Л. Николаи, В.К. Дмоховский, В.П. Волков, Н.И. Черкасов, В.Л. Маковский и другие.
Кафедра является выпускающей и готовит инженеров по специальности «Мосты и транспортные тоннели» (специализация «Тоннели и метрополитены»). Среди более чем 200 выпускников кафедры не только советские и российские граждане, но и граждане многих стран дальнего зарубежья.
Кафедра ведет преподавание таких дисциплин как «Инженерная геология», «Механика грунтов», «Основания и фундаменты» на 4-х специальностях, а также все дисциплины специального цикла по специализации «Тоннели и метрополитены».
Кафедра располагает учебной лабораторией «Механика грунтов», в которой проводятся лабораторные занятия по дисциплинам «Инженерная геология» и «Механика грунтов». На кафедре много десятилетий существует геологический музей с образцами горных пород, зачастую уникальными. Все студенты строительных специальностей проводят в музее часть практических занятий.
Научные интересы кафедры лежат в области исследования физических и механических свойств грунтов, разработки конструкций и методов расчета тоннелей метрополитенов. Особое место занимает работа, посвященная строительству транспортных сооружений в сейсмоопасных районах. Это направление возглавляет крупнейший специалист в области динамики сооружений, заведующий кафедрой, доктор технических наук, профессор Е.Н. Курбацкий.