Старейший факультет быт открыт в 1951 году под названием «эксплуатационный факультет».
В 1993 г. факультет был расформирован, и до 2001 г. выпуск специалистов по основной железнодорожной специальности осуществлялся на факультете «Управление и экономика на транспорте».
Вновь факультет «Управление процессами перевозок» был образован в 2001 году в целях рациональной организации учебного процесса, и в этой связи, создания двух факультетов вместо трех: «Управление и экономика на транспорте», Автоматика, связь и экономика на транспорте», «Информационные технологии и менеджмент».
В состав факультета входят три кафедры: «Эксплуатация железных дорог», «Высшая математика и естественные науки», «Техносферная безопасность».
Факультет является одним из крупных учебных подразделений академии. Кафедры факультета в достаточной степени обеспечены высокопрофессиональными научно-педагогическими кадрами.