Факультет был образован в 1993 г. на базе Строительного факультета. Строительный факультет был одним из первых факультетов, открытых во ВЗИИТе в 1951 г. Его возглавил директор-полковник пути и строительства, к.т.н., доцент Владимир Павлович Чернавский. Как инженер-путеец в годы войны он активно участвовал в восстановительных работах железнодорожных путей. Имел звание "Отличный восстановитель».
С 1957 г. факультетом руководит к.т.н. доцент Андрей Иванович Репрев, имевший к этому времени богатый производственный и научный опыт. Под его руководством коллектив много сделал в области организации учебной и методической работы на факультете. В дальнейшем аналогичные усилия с 1966 г. по 1983 г. по укреплению факультета продолжал к.т.н., доцент Кушнаренко Евгений Михайлович. В течение ряда лет он заведовал кафедрой. Вел исследования по вопросам прочности и надежности железнодорожных рельсов. Его труд отмечен правительственными наградами. Награжден знаком «Почетный железнодорожник». Занесен в Книгу почета университета.
В это время на кафедрах факультета работали крупные и авторитетные специалисты железнодорожного транспорта и транспортного строительства профессора Вериго Михаил Феликсович, Дурново Павел Сергеевич, Кулаков Александр Павлович, Перельман Лев Моисеевич, Чернышев Михаил Андреевич, Страмоус Михаил Федорович, Урбан Иван Владимирович, Рапопорт Тамара Борисовна, Алексеев Алексей Павлович, Дидов Борис Викторович, Захаров Владимир Васильевич, Захаров Василий Алексеевич, Катуркин Евгений Афанасьевич, Матвеев Георгий Алексеевич и многие другие.
С 1993 г. по 1995 г. во главе укрупненного факультета «Транспортные сооружения и здания» стал к.т.н., доцент Черкасов Анатолий Николаевич, выпускник ВЗИИТа, умелый и опытный организатор учебного процесса в вузе, до этого ряд лет работавший деканом Механического факультета во ВЗИИТе. В 1995 г. А.Н. Черкасова сменил в должности декана к.т.н., профессор Соколов Валерий Серафимович. На факультете более активно стали решаться вопросы расширения аспирантуры и внедрения новых видов организации учебного процесса.
Профессора факультета являются авторами ряда общегосударственных строительных норм и правил, других нормативных документов, отраслевых инструкций и т.п. Они участники проектирования, строительства и реконструкции многих крупнейших объектов на транспорте, среди которых БАМ и МКАД, высокоскоростное движение на железной дороге Санкт-Петербург - Москва, это и космодром Байконур, и восстановление Храма Христа Спасителя в Москве и другие.
В августе 2004 г. приказом ректора по университету был введен в эксплуатацию и передан факультету новый учебный корпус № 2 с большими светлыми лабораториями, лекционными помещениями с установленной в них новой мебелью.
Учебный процесс на факультете организуется с учетом современных достижений науки и техники. Работа проводится в соответствии с «Программой внедрения дистанционного обучения в РГОТУПС на 2003-2010 годы», позволяющей использовать индивидуальный подход в организации обучения без отрыва от производства.
В настоящее время на всех кафедрах разработаны и внедрены учебно-методические материалы, которые передаются студентам для самостоятельного изучения, при этом традиционные виды учебных занятий проводятся в соответствии с учебным планом.
Ежегодно на железные дороги приходит работать в среднем около 60% выпускников факультета. За 56 лет факультет выпустил около 17500 специалистов.
В числе выпускников факультета ряд крупных деятелей железнодорожного транспорта и транспортного строительства. Это заместитель министра транспортного строительства В.И.Сбитнев, главный инженер проектно-изыскательского института Мосгипротранс Д.Г. Краюшкин, начальники и главные инженеры служб пути Управлений железных дорог В.П. Бирюзов, В.В. Гранин, A.П. Галунин; многие руководители предприятий и организаций железнодорожного транспорта и транспортного строительства: И.Н. Бандоля, В.Ф. Клюшин, Г.Ф. Кононов, П.И.Турков, Г.В. Балюй, В.Г. Киселев.